İşletmelerin tescillenmemiş olması (tarım ve gıda sektöründe kayıtdışılık),
Yüksek girdi maliyetleri,
Kişi başına düşen milli gelirin düşüklüğü,
İşletme sayılarının fazlalığı ve küçük ölçekli oluşları,
Uzakdoğu ve Güney Amerika ülkelerinin ucuz üretimi,
Kaliteye göre fiyat belirlenmemesi,
Sektördeki idari, teknik ve mali yetersizlik,
Standart kalite üretim yapılmaması nedeniyle açık pazar haline gelmek,
Kaliteli ham ve yardımcı madde temininde güçlükler,
İdari sorunlar nedeniyle dış pazarlarda güvensizlik yaşanması,
İş hayatındaki disiplinsizlik ve iş ahlakı yetersizliği,
Yetkinin tek elde toplanamaması,
Kontrol personelinin hijyen ve sanitasyon konusunda eğitim yetersizliği,
Gıda ve yeme ilişkin davaların görüleceği ihtisas mahkemelerinin olmaması,
Kamu denetim sistemi ve otokontrol anlayışının yetersizliği,
Denetimde ve araştırmada çalışan personelin özlük haklarının yetersizliği,
İzlenebilirliğin sağlanamaması,
İşletmelerde GMP ve HACPP kontrolünde kamu kurumlarının yetersizliği ve etkisizliği,
Devlet adına gıda kontrol ve denetim hizmetleri yapan birimlerin dağınık olması, aralarında yeterli koordinasyon olmaması,
Üretici ve tüketicilerde örgütlenememe,
GDO gıdaların ithalatı, üretimi kontrolündeki belirsizlikler ve kontrollerde akredite olmuş laboratuvar eksikliği,
Çevre ülkelerden yapılan ithalatlar gıda güvenliği olmayan ürün ve materyal girişi,
Gıda kaynaklı hastalıklara ait ulusal veri tabanı bulunmaması,
Gıda güvenliğine ilişkin parametrelerden oluşan bir veri tabanı eksikliği,
Yalnız gıda güvenliği ile ilgili üst bir kurumun bulunmaması,
Ambalaj ve etiket bilgilerindeki belirsizlik,
Biyolojik mücadele ve entegre mücadeleye önem verilmemesi,
Ülke genelinde ilişkili mesleklerde eğitim programında gıda güvenliğinin yeterince ele alınmaması,
Üreticilerin bilinçli ve eğitimli olmaması,
Nitelikli uzman eksikliği,
Tüketici eğitiminde eksiklik,
Araştırmalar için özel bir yasa veya statü bulunmaması,
Uygulamalı Ar-Ge çalışmalarının eksikliği (altyapı+bütçe),
Araştırmada usta çırak ilişkisinin olmaması (istihdamda sürekliliğin olmaması),
Ulusal gıda güvenliği araştırmalarının tek elden izlenememesi,
Gıda kaynaklı hastalıklara ait ulusal veri tabanının bulunmaması,
Eğitilmiş nitelikli personelin istihdam olanakları ve uzmanlık alanı dışında çalışmaları.
